В медицине многих стран мира растение используется в качестве средства, улучшающего пищеварение и возбуждающего аппетит.
Препараты полыни горькой применяют при диспепсии, гипоацидных гастритах, при заболеваниях печени, желчного пузыря, бессоннице, малярии, гриппе, катаре верхних дыхательных путей.
Хамазулен, получаемый из надземной части полыни горькой, используют при лечении бронхиальной астмы, ревматизма, экзем и ожогов рентгеновскими лучами.
Полынь входит в состав желчегонного, желудочного сборов, уменьшает метеоризм